Das Projekt MIBIREM zielt darauf ab, die Mikrobiom-Forschung für die Bioremediation anzupassen. Dabei fokussiert sich das Forschungsprojekt auf drei Schadstoffe/-gruppen: MKW & PAK, Cyanide, sowie Lindan. Ziel ist es, dass alle im Projekt entwickelten Methoden und Strategien im Anschluss auf andere Schadstoffe übertragen werden können und so in Zukunft eine Vielzahl kontaminierter Standorte über eine biologische Sanierung behandelt werden können.

Das Forschungsprojekt beginnt mit einer Harmonisierung von Protokollen zur Probenahme und dem Proben-Handling. Den Probenahmen folgt die Isolation von Mikrobiomen und deren umfassende Analyse über Metagenom-Studien, Transkriptom-Analysen und weitere Analysen des genetischen Potenzials. Ziel ist die Anreicherung von Schadstoff-abbauenden bakteriellen Konsortien, sowie die Isolation von Einzelstämmen. Als Novum befasst sich das Forschungsprojekt mit der Entwicklung von Methoden zur Konservierung ganzer Mikrobiome.

Für die Hinterlegung dieser Mikrobiome, sowie den isolierten Einzelstämmen, wird eine neue Datenbank speziell für Schadstoff-abbauende Mikroorganismen etabliert. Des Weiteren setzt sich MIBIREM zum Ziel, eine Reihe von Sicherheitsstandards für Mikrobiome zu entwickelt, welche aktuell noch nicht existieren. Außerdem werden die Konsortien mit Hilfe künstlicher Evolution optimiert, so dass etwa die Abbauleistung oder Schadstoff-Toleranz optimiert werden. Wichtig an dieser Stelle zu erwähnen ist, dass es sich nicht um eine genetische Manipulation der Mikroorganismen handelt, sondern einen Selektionsprozess. Im Anschluss an die Optimierung werden die Kulturen in Abbauuntersuchungen auf ihre Leistung hin erprobt und verglichen. Ein weiteres Ziel von MIBIREM ist die Optimierung von scale-up Prozessen für Mikrobiome um deren Diversität und Leistungsfähigkeit auch in großes Volumina aufrecht zu erhalten. Im Anschluss an diese Schritte erfolgt je ein Feldtest für die drei Schadstoffe.